Kad vidim kamene spomenike kako su propali, izbrisana slova na njima, onda pomislim, što će biti s ovim što ja radim!
— Ruđer Bošković
Bio je član devet akademija, među kojima su akademije u Bologni, Parizu i Sankt Peterburgu, a 1761. izabran za člana Engleskog kraljevskog društva na čiji je poticaj otišao u Carigrad motriti prolazak Venere ispred Sunca.
Kako nije stigao motriti prolazak Venere, vrijeme je iskoristio za istraživanje ruševina Troje. Poricao je tada prihvaćenu tezu da se ruševine Troje nalaze na maloazijskoj obali nasuprot otoku Tenedu tvrdeći da su one dublje u unutrašnjosti, a to su poslije potvrdila iskapanja Heinricha Schliemanna. Bošković je 1764. postao voditelj optike i astronomije na sveučilištu u Milanu, a u Parizu je 1774. postavljen na mjesto ravnatelja pomorske optike, tada je u potpunosti došla do izražaja i njegova tehnička genijalnost.
Bošković je prvenstveno bio znanstvenik, bavio se problemom leća radi poboljšanja astronomskih instrumenata, konstruirao je prvi optički mikrometar, prvi je primijenio prizmu s promjenjivim kutom, predložio je načine uklanjanja kromatizma dalekozora koji je ostao u trajnoj upotrebi. Bošković je 1755. u Rimu i 1770. u Parizu objavio djelo “Astronomsko i zemljopisno putovanje”, baveći se geodezijom izradio je niz posve novih instrumenata i pribora za izvođenje geodetskih mjerenja.
Leon M. Lederman o Boškoviću:
„Fraza „išao je ispred vremena‟ često se i prečesto rabi. Ali ja ću je ipak upotrijebiti. Ne govorim o Galileju niti o Newtonu. Obojica su stigli baš u pravo vrijeme, ni prerano ni prekasno … Galilei, Kepler, Brahe i Newton bili su prihvaćeni – čak slavljeni uz fanfare! – u vlastitom vremenu zato što su stigli sa zamislima koje je znanstvena zajednica bila spremna prihvatiti. Nisu bili svi te sreće. Ruđer Josip Bošković, Dubrovčanin […] je tvrdio da je Newtonov zakon gravitacije „gotovo savršeno točan, ali da određena odstupanja od zakona obrnute razmjernosti s kvadratom udaljenosti, premda vrlo malena, ipak postoje‟. Nagađao je da će se taj klasični zakon morati srušiti u atomskim razmjerima gdje se sile privlačenja zamjenjuju privlačnim i odbojnim silama koje se naizmjence smjenjuju ovisno o udaljenosti. Nevjerojatna zamisao za znanstvenika osamnaestog stoljeća. […] Bošković je imao još jednu zamisao, potpuno luđačku za osamnaesto stoljeće (a možda i za bilo koje drugo vrijeme). Materija je građena od nevidljivih i nedjeljivih atoma, rekao je. Dobro, to nije posve novo, s tim bi se složili i Leukip, Demokrit, Galilei, Newton i drugi. Ali čujte novu stvar: Bošković je tvrdio da te čestice nemaju veličinu, naime da su geometrijske točke… Bez dimenzija. Tvrdi, ni manje ni više, da je materija građena od čestica koje nemaju dimenziju! Mi smo, evo prije dvadesetak godina, pronašli česticu koja odgovara tom opisu. Nazvali smo je kvark.”
U geofizici je istraživao polarnu svjetlost, plimu i oseku te vrtložni vjetar koji je opustošio dio Rima. Nagovijestio je postojanje plimnih valova čvrste Zemljine kore, prvi je odredio nepravilan oblik Zemlje, poslije nazvan geoid. Bošković je tvrdio da je oblik Zemlje ne samo nepravilan nego i promjenljiv u vremenu, što je dokazano tek mnogo kasnije. Njegov rad obuhvaća razna područja znanosti, ali je najvažniji njegov doprinos shvaćanju strukture tvari. Boškovićeva izvorna teorija sila i strukture tvari danas je toliko aktualna da ga se može smatrati znanstvenim vizionarom 20. stoljeća.
